一般来说，与HLA-B27阴性的强直性脊柱炎相比，HLA-B27阳性者发病相对较早、临床症状较重、全身症状及外周关节炎(如髋关节等)的发生率较高，免疫学指标改变 (ESR、CRP和γ-球蛋白增高)较多，家族聚集现象、竹节样脊柱和眼炎的发生率也较高， 即HLA-B27阳性的患者的病情较重，预后欠佳。而HLA-B27阴性患者则多伴银屑病、溃疡性结肠炎或克罗恩病。

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